掃除城南礙手礙腳的練勇之后，林鳳祥率西殿太平軍精銳萬人與李開芳會合，太平軍集中兩部炮隊，依托城南堅固民居修筑的營壘，以火炮猛攻南京城。這些火炮中，尤其以新運到吳三桂三千斤大炮威力最大，城內多處建筑被轟平，連陸建瀛坐鎮的聚寶門城樓也被打得千瘡百孔。
陸建瀛雖然視財如命，但見太平軍如此猛烈的攻勢，這時也慌神了，幾欲棄城而逃。練勇頭目張炳垣逃回城內后，此人卑顏奴媚，全然沒有讀書人的氣節，在自己手下被陸總督炮轟驅散之后，依然死心塌地的效忠朝廷。見太平軍砲子猛烈，當即獻計以牛皮泡水后包裹藤盾，再蒙以漁網豎立城頭抵擋砲子。
陸總督已經無計可施，見有人獻計自然是言聽計從，他也怕太平軍的砲子不長眼睛打到自己，當即命人按張炳垣所說的操辦，一試之下太平軍的實心彈多數被攔住，倒也十分靈驗。
見張炳垣的計策管用，陸建瀛又起了僥幸心理，以為有張炳垣這位活諸葛坐鎮，南京城固若金湯，于是放棄逃跑念頭，開始再次算計庫房那快要見底的銀子。
第三日上，蕭云貴統領的西殿太平軍大隊到來，蕭云貴和左宗棠商議之后，馬上分兵奪占城外重要據點，以雨花臺為核心，修筑大量營壘，又將陸建瀛拋棄在城外的炮臺有效利用起來，晝夜轟擊南京城。而對于張炳垣搞的小伎倆，蕭云貴不屑于顧，命人換上匠人營按照吳三桂所遺開花彈新研制出來的開花彈猛轟，將城頭那些漁網、牛皮炸得七零八落。但這種開花彈還是存在缺陷，所留引線很不穩定，要么就是落地不炸，要么就是在半空就炸，但還是有半數的炮彈能在落地后炸響。
蕭云貴心疼那些炮彈，要知道制造一枚炮彈花費是不小的，所謂大炮一響，黃金萬兩，打炮就是打銀子，如此的成功率讓蕭云貴肉痛不已。這時候他有些后悔，當年自己怎么不是學理科的？轉頭想問問四眼妹，但洪韻兒也沒有好的辦法，要她說歷史、人物、名勝古跡，她可以如數家珍，但要問她機械火炮，她也是兩眼一抹黑。最后蕭云貴逼問得急了，洪韻兒嬌怒道：“我不是百科全書，逼死我也沒用，姐姐我不知道就是不知道！你最好派人盡快找到丁拱辰，或是別的火器專家，實在不行你可以派人到上海去請些洋人技師來啊！”
蕭云貴這才死心，看來這四眼妹是真不知道，也難怪她和自己一樣，都是學文科的，又怎會去看關于理科的書呢？雖然一些簡單的原理大家都知道，但是機械、化學這些學問，失之毫厘可是謬以千里的，就像**，比例當中的細微差別，就能讓成品火藥的威力出現天淵之別，當中細節不明白的話，也等于不明白。蕭云貴只能命白澤堂加緊搜羅火器專家，同時讓寶慶商會和貴云商號也加入找人的行列，接著讓兩家商號還是向上海伸出行商的觸角，準備開始和洋人接觸。
到了夜晚，蕭云貴到沒像歷史上洪楊的做法，放火焚燒城外寺廟、古跡，他號令全軍，能保留的盡量保留。而且沿途過來，太平軍并沒有像歷史上那樣殘酷的迫害僧侶、道士，要是換了洪楊打南京，沿途所過州縣的寺廟、道觀盡數被毀，僧侶道士被殺、被驅趕的無數。蕭云貴并沒有這樣做，倒是讓太平軍的名聲沒有受損。
不過手下一些傳教典官倒是提出了疑問，蕭云貴曉諭全軍說，那些不信我教的異教徒將來死后會下地獄受苦，天父皇上帝在每個人大限一到之時便會清算，無需太平軍動刀。洪韻兒則說，天父皇上帝派大家在凡間就是要拯救這些迷途的羔羊，一刀殺了并不能解決問題，還是要讓這么迷途的人感受上帝福音才能恩沐四方。眾典官如何能辯得過洪韻兒？在洪韻兒嘴炮的洗腦下，深以為然，眾典官更加積極的講道理布道，西殿太平軍改變了以往血腥壓迫式傳教方式，大大降低了百姓們的反感。
不過夜間蕭云貴還是命令太平軍發炮不斷，同時號令各軍使用心理戰術恐嚇陸建瀛，將士兵分為無數兩司馬為單位的小隊，實施戰術性的騷擾機動，引誘清軍消耗炮火，晝夜不間斷地佯攻，使得守城士兵白天吃不好，夜晚不能寐。
同時，白澤堂早就和南京城內的天地會部眾取得了聯絡，童強勝帶人在圍城前扮作難民潛入了城內，和城內天地會部眾一道，不斷在城內搞破壞，晚上到處粘貼太平天國西王光復金陵的布告，搞得城內人心惶惶，士兵杯弓蛇影。清軍雖然知道城內有奸細，但城外攻打甚急，城內將官各存私心，也沒人顧得上打擊城內奸細之事。隨著白澤堂在城內活動的日益擴大，甚至將布告貼到了兩江總督衙門外，讓陸建瀛更是心慌不已，調了大批人馬保衛自己的府邸，同時南京城清軍的守城意志不斷瓦解，已經是士氣全無了。
加之太平軍在城外示以仁義，許多南京百姓紛紛盼望太平軍入城。在這樣的百姓的翹首盼望之下，就算清軍強逼著百姓青壯們上城助守，青壯們也是出工不出力，大炮一響就往后跑，清兵攔也攔不住。幾次清兵阻攔不住，急得拔刀殺人，更增百姓對清軍的怨恨，城內時有發生落單清兵、旗兵被百姓暗殺的事件，清軍還道是城內奸細所為，但其實很大一部分是民間百姓干的。民心向背如此，南京城破已是必然。
看城內如死灰一般的士氣，蕭云貴知道破城時機成熟，便下令太平軍在靜海寺、天**等地開挖地道，準備實施穴地攻城。這一招雖然有些費事，但卻是極為有效的。蕭云貴相信，等到威力更大的開花彈和大炮研制出來之后，這種戰術將會退出歷史舞臺，同時在中國大地上橫亙了數千年的城墻也將徹底失去作用。
無恥之人張炳垣與知縣劉同纓發現太平軍開始準備穴地攻城，便獻策開挖內壕，在入城口修筑街道營壘，在城中交通干道兩旁房屋建設炮火，以防太平軍爆破入城，準備開始巷戰。這兩人的主意不得不說是極為高明的，他們想讓太平軍陷入巷戰的泥沼，就像在城南練勇所用的戰術那樣，在巷戰中拖垮太平軍。
但不知何故，這個計策卻被陸建瀛拒絕了，或許在他看來城墻一旦攻破，自己最好是收拾細軟先逃，還準備巷戰做什么？
見自己所獻計策被拒絕，無恥走狗張炳垣又提議以炮轟擊靜海寺，去除太平軍挖地道的據點，副將湯貽汾親自點火炮擊靜海寺，頭一發砲子就命中了靜海寺，大殿的次梁便塌卸，但炮火并未能破壞太平軍挖掘的地道。
城內白澤堂童強勝等人聽聞清軍炮擊靜海寺，便在城內散布謠言，說清軍不敬佛祖，敗亡在即。清軍的這個舉動更讓信奉佛教的百姓和逃入城內避難的僧侶們惱怒萬分，清軍一向宣揚太平軍毀佛滅教，但眾人所見都是太平軍沒有毀壞廟宇，反倒是清軍炮擊寺廟，對官府的不信任達到了無以復加的地步。
兩天后，靜海寺附近城墻的地道三處同時爆破，獅子山方向的城墻被炸開兩丈的缺口，但南京城墻頗為高厚，城墻雖然倒塌，但卻沒有形成通路。
太平軍再度花了一天時間挖掘爆破，炮兵又猛烈轟擊缺口，終于地道與炮并發，上下一震，獅子山正面城垣，頹卸磚石數層。
早就在城外民房廬舍內藏身的太平軍前鋒軍手持大刀藤牌，從隱藏地涌出來，拼死往缺口沖入，儀鳳門告破。
南京城乃是江南第一重鎮，城內駐扎不少八旗駐防軍，他們這些人知道太平軍不會放過滿人、旗兵，是以拼死力戰，居然表現出了前所未有的戰斗力，戰斗意志在死神的逼迫下爆發出少有的堅定，在張炳垣帶領的團練支持下，和突入缺口的太平軍惡戰起來。
一邊要拼死入城，一邊要拼死堵住缺口，短短的十丈缺口之上，在一炷香時分便已經是一片尸山血海。太平軍輪番沖擊缺口，清軍則是玩命般的上前封堵，到處都是人頭、殘肢亂飛，到處都是鮮血飛濺，到處都是慘叫之聲連綿，儀鳳門的缺口就像是上古怪獸一般，張開血盆大口，不斷的吞噬著人命。
坐鎮前沿指揮的林鳳祥眼看儀鳳門爆破雖然成功，但清軍卻沒有像往常那樣潰散，反而蜂擁而來堵缺口，太平軍傷亡頗大之下，他急紅了眼，操刀便想帶著人馬親自上前搏殺。
好在此刻李開芳部的探馬來報，白澤堂見城破，號令城內百姓、天地會部眾，拿起各式各樣的武器，沖殺聚寶門的清軍。此時聚寶門守軍已大部調往儀鳳門增援，所剩士兵很快被白澤堂率領的城內起義軍殺散，李開芳部已經率軍突入聚寶門，便派人來相約林鳳祥部太平軍大隊在儀鳳門聚殲清軍。
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